Au cours des 15 dernières années, la démocratisation des approches à haut débit a révélé la multiplicité et l’importance des interactions entre hôtes et micro-organismes. Établi à l’interface entre hôte et environnement, le microbiote est un compartiment essentiel à notre compréhension de l’adaptation et de l’acclimatation des organismes. 

Les milieux extrêmes l’illustrent à travers des exemples spectaculaires comme les symbioses permettant aux métazoaires d’exploiter la production primaire chimiosynthétique autour des sources hydrothermales sous-marines. C’est tout aussi vrai pour des organismes moins exotiques, mais néanmoins soumis à des stress environnementaux brutaux, comme les poissons téléostéens soumis à des épisodes réguliers et intenses de proliférations de microalgues toxiques. Les travaux présentés ici explorent le continuum entre hôte, microbiote et environnement dans cet « extrême ordinaire » à l’aide d’approches d’écologie microbienne, de métagénomique et de métabolomique. Ils démontrent que l’interaction y est complexe et dynamique, et le rôle du microbiote dans l’acclimatation aux proliférations et aux composés toxiques associés capital. On découvre d’ailleurs que les cyanobactéries responsables des proliférations sont elles-mêmes associées à un microbiote spécifique, la phycosphère, qui participe à la production des métabolites bioactifs. Le microbiote s’impose ainsi progressivement comme la nouvelle frontière des études d’écotoxicologie autant que d’écologie, bénéficiant de la combinaison des différentes « omiques » au carrefour de la microbiologie, de la biologie des organismes, de la chimie et de l’écologie.

La « révolution du microbiote » a radicalement modifié notre regard sur le vivant et son évolution. Elle fait des hôtes et de leurs microbiotes des « holobiontes » qui questionnent (entre autres…) le statut même de l’individu. Il est temps maintenant de replacer ces holobiontes dans leur contexte environnemental, afin d’évaluer la part du microbiote dans l’adaptation, mais aussi son influence sur cet environnement. Cela suppose de réfléchir aux outils à mettre en œuvre, de réviser les designs expérimentaux classiques, et même de repenser nos modes de mise en collection afin de les adapter à ce nouveau paradigme.